到了伊势神道的集大成者度会家行（1266年－1351年）时，开始以宋学知识解释神道说。度会家行是伊势神宫外宫的神官。其最主要著作是《类聚神祇本源》，共15卷。《类聚神祇本源》的第一卷《天地开辟篇》，分汉家与本朝两部分。本朝部分又分列官家与释家，分别以神道说与佛说讲宇宙的来源与天地开辟。而汉家部分则引用中国宋学家周敦颐的《太极图说》前半部分，以周敦颐的易经哲学，用太极生阴阳，阴阳二气交感化生万物来说明天地开辟。
不过，度会家行在这一部分中，还引用了《老子》、《庄子》、《淮南子》和《三五历纪》的正文与注释，尚未做到纯然用宋学。大体与度会家行同时代并受其影响的公卿北畠亲房（1293年－1354年），较之度会家行，更明确地提出了神儒佛三教一致说，其儒学知识则表现了更浓厚的宋学色彩。北畠亲房曾积极参加后醍醐天皇的“建武中兴”活动。在失败后，他仍然效忠后醍醐天皇并一起逃往吉野，成为南朝的中心人物。他为了说明南朝的正统性写了历史著作《神皇正统记》。
该书不仅深受《春秋》和司马光《资治通鉴》的影响，而且表达了他的神、儒、佛三教一致主张深受宋学影响的自然观与社会政治观。他认为，借助佛经与儒书也可弘布神道，并以撒网捕鱼为喻，“得鱼虽由网之一目。然若无众目之力，得之甚难。由应神天皇弘布儒书，由圣德太子时盛行释教，此皆权化之神圣，受天照大神之心，可弘深我国之道也。”北畠亲房视儒、释为“权化”之神圣，即以为儒、释诸神圣，皆是神道中诸神的化身。这与佛家方面的山王神道的佛本神迹说已有区别，已是神本佛迹，开始透露了欲使神道脱离从属地位的些微消息。
北畠亲房在讲日本国土的生成和众神的出现时，虽仍然依据《日本书纪》的记述，但值得注意的是，他在原封不动地引用《日本书纪》的“古天地未剖，阴阳不分，浑沌如鸡子，溟涬而含牙”之后，增加了这样一些话，“此阴阳之元初，未分之一气也。其气始分”，下面又接上《日本书纪》的原句“清阳者薄靡而为天，重浊者淹滞而为地”。北畠亲房所增加的这些话，使我们不能不认为他对宋学的“理气说”表现了一定的理解，并图以之说明日本国土与众神的生成。
15世纪末，被誉为“日本无双之才人”的公卿一条兼良（1402年－1481年），提出了较北畠亲房更为系统的神、儒、佛三教一致说。一条兼良屡任摄政、关白之职，博学多闻，精儒、佛，通神道，尤其是他对宋学的理解较北畠亲房远为高明。一条兼良的代表作之一是《大学童子训》，其中主要阐述了他对儒、佛两者关系的看法。他认为儒、佛思想有一致之处，如《大学》中所说的“明明德”和“亲民”，就佛教来说，就是上求菩提与下化众生。而“豁然”一词则在宋学和禅宗讲“悟通”时都使用。
不过，他也注意到两者同中有异。总之，在一条兼良看来，儒、佛的教化作用和悟道方法，不仅有相通处，也有互异点。如果一条兼良在这种认识的基础上再前进一步，他就会如同宋儒或此后江户时代的儒学者一样，进而反对与排斥佛教。但是，一条兼良并未如此，而是以神道去统一儒、佛，发展了以神道为主的神、儒、佛三教一致说。镰仓和室町时代的理论神道，十分重视《日本书纪》的研究，而且多以其神代部分为重点。他们是根据《日本书记》的神代部分的神话去组织其教义的。
一条兼良的代表作《日本书纪纂疏》，也是以《书纪》注释为面目的神道书。他大量引用佛典与儒说来解释神道观。他首先认为神道是心性教，“一心”乃是本源。但他又用宋学的理气说解释“一心”的存在，即“理者寂然不动乃心之体；气者感而遂通即心之用。”一条兼良还认为神道中的三种神器（镜、玉、剑）是“一心”的标帜，而这三种神器又相当于儒学的“三达德”（智、仁、勇）和佛教的“三因佛性”（真如、智慧、善行）。
由于“儒宗三德本于天性，佛教三因具于本有，统而言之，不离一心”，于是，又用神道的“一心”把神、儒、佛统一起来，以“一心”作为神、儒、佛的共同根源。“一心”是本体，而神道的镜、玉、剑，儒学的智、仁、勇，佛教真如、智慧、善行，都不过是其作用。一条兼良关于鬼神的本质以及祭祀的意义的论述，更多地表现了宋学的影响。什么是神？一条兼良主要引证了宋学者的观点，对日本神道祭祀的诸神的本质予以阐释。
关于祭祀的意义，一条兼良则祖述了朱熹的鬼神来格说。一条兼良说：“易大传曰，精气为物，游魂为变。盖阴阳合则魂魄聚而有生，阴阳散则魂升为神，魄隆为鬼。故人之死也，则其形渐尽，而亦唯有是气而已。是以孝子祭其神也，必能致其诚心，则彼神之气与孝子之气相接，而有享其祭祀。谓之郊则天神格，庙则人鬼享也。”尽管北畠亲房和一条兼良都企图建立以神道为主的神、儒、佛三教一致说。但是，从前述内容我们不难看出，由于一条兼良更多地吸收了宋学，因而一条兼良的三教一致说较之北畠亲房更富于理论色彩。
如果我们把一条兼良的颇有神秘主义味道的“一心”，置换为宋学的客观唯心主义的“太极”或“理”，就不难看出一条兼良在论证“一心”与三种神器、“三达德”、“三因佛性”关系时，有宋学“理气说”的影子。室町时代末期，受到一条兼良影响的吉田兼俱（1435年一1511年）创立神道新流派唯一神道。吉田兼俱反对本地垂迹说，提出了有名的“根叶花实”说来说明神、儒、佛的关系，即“吾日本生种子，震旦（即中国）现枝叶，天竺（即印度）开花实。故佛教乃万法之花实，儒教为万法之枝叶，神道为万法之根本。彼二教皆此神道之分化也，以枝叶花实，显其根源也。”
他认为神道是根本，而佛教与儒学不过是神道的分化，这显然是以神道为主的神、儒、佛三教一致说。然而，由佛本神迹的神佛调和思想，以至禅主儒从的儒佛不二说，发展为以神道为主的神、儒、佛三教一致说，这并不表明以日本固有之道相标榜的神道出现了什么具有思想独创性的新发展。正如从前述内容也可以看到的，它的种种新说实际是由外来思想所准备、所培植的，尤其是受到宋学的影响。
我们从中倒是可以发现儒、佛思想对日本思想界影响力的消长，因为无论哪种神、儒、佛三教一致说，都已将儒、佛置于同等地位，所以不妨将这种现象视为佛教的权威日益衰落的表征。关于日本神道与佛教和儒学等其他宗教与思想的关系，日本神道最初只是日本民族固有的习俗与祭礼，并无理论性教义。日本神道要理论化，便不得不从佛教和儒学等其他宗教或思想中吸取理论滋养，即不得不用这些“服装”来打扮自己。佛教与儒学等外来宗教或思想在日本的影响，受种种条件制约，有其强弱消长的变化。这一强弱消长的变化十分明显地影响了神道的理论色彩。
结语
日本人就像不断追求时髦的少女，哪种外来宗教或思想在日本流行且影响强烈，他们就给神道“木偶”披上哪种理论时装。从这一点看，它与其他世界性宗教有巨大差异。例如佛教、基督教、伊斯兰教等，它们从原初形态发展到如今，其间虽曾不断地吸收其他宗教与思想的滋养，但它们是在保存此前的思想积累的情况下吸收新宗教或思想的，因而，存在一个不断积累的过程。但日本神道则不同，它不断地抛弃旧装换新衣，因而神道的理论化过程不是思想积累过程，而是一个浅薄的不断变换色彩的过程。
